Depois Stewart entrou na banda de Long John Brandy, Hoochie Coochie Men, com quem gravou o single de 1964 "Good Morning Little Schoolgirl", hoje considerado um clássico. Também participou do Steampacket, de Brian Auger e Julie Driscoll, e do Shotgun Express.

Foi nessa época que seu trabalho começou a tomar vulto. A banda abriu shows da turnê britânica dos Rolling Stones com Walker Brothers em 1965 e também gravou um álbum, que só foi lançado em 1970. No início de 66, enquanto o Steampacket debandava, Stewart lançou um compacto à frente do grupo de estúdio Phyton Lee Jackson, com a canção "In a Broken Dream", que não chamou atenção na época mas virou raridade disputada quando ele virou superstar. Como as coisas no Shotgun já estavam mornas pelo entra-e-sai de músicos & carreiras paralelas, Rod ficou a vontade para entrar no Jeff Beck Group.