Nascido no ano de 1947 em Autlan de Navarro, no México, onde existe agora uma rua e praça pública com o seu nome, é filho de um grande violinista Mariachi, José Santana. Carlos seguiu os passos musicais do pai, tendo aulas de violino com a idade de cinco anos.

No entanto, foi apenas anos mais tarde, quando a sua família se mudou para Tijuana, que Santana iniciou a sua relação, que viria a durar toda a vida, com a guitarra que veio a convertê-lo num verdadeiro ícone da música.

Em 1961, Carlos deu o grande passo ao mudar-se do México para S. Francisco. Poucos anos mais tarde formou os Santana Blues Band e com os tons frescos e acordes cheios de alma e ritmo, com o som baseado no blues latino, Santana descobriu uma audiência sedenta dos seus ideais musicais inovadores.